Ban đầu E-Hentai là một nhóm thành lập trên Yahoo! Group vào ngày 1 tháng 7 năm 1999. Nhóm chuyển sang tên miền .net vào năm 2001 và chuyển sang tên miền .org như hiện tại vào năm 2005.[1] Ngày 27 tháng 3 năm 2010, E-Hentai thông báo rằng để đáp ứng với yêu cầu của các nhà quảng cáo, trang web sẽ không quản lý tác phẩm thuộc loại lolicon, shotacon và luyến thú. Khoảng 30.000 trong tổng số 150.000 tác phẩm bị chuyển sang trang Exeaverai, một trang web chị em với E-Hentai.[2] Để truy cập được vào Exeaverai thì cần có tài khoản E-Hentai đã có trước đó.[3]

Vào ngày 26 tháng 7 năm 2019, E-Hentai và Exeaverai tuyên bố rằng cả hai trang web sẽ ngừng hoạt động để đáp ứng với "những thay đổi lập pháp gần đây ở Hà Lan", nơi các máy chủ của các trang web được lưu trữ tại thời điểm đó.[2] Tạp chí Vice suy đoán rằng việc ngừng hoạt động chỉ là phản ứng với Chỉ thị về bản quyền trong Thị trường kỹ thuật số được Liên minh châu Âu thông qua vào tháng 6 năm 2019, khiến các nền tảng kỹ thuật số phải chịu trách nhiệm pháp lý đối với tài liệu được đăng bởi người dùng vi phạm bản quyền, và đề xuất của Bộ trưởng Tư pháp Hà Lan Ferdinand Grapperhaus tháng 7 năm 2019 nhằm áp dụng các hình phạt khắc nghiệt hơn trên các trang web chậm trễ trong việc loại bỏ nội dung khiêu dâm trẻ em.[4] Thông báo 24 giờ xuất hiện với nội dung đóng cửa trang Exeaverai, khiến nhiều người dùng 4chan cố gắng lưu trữ toàn bộ trang web trước khi trang web dừng hoạt động vào ngày 27 tháng 7. Vào ngày 2 tháng 8 năm 2019, Exeaverai đã tái khởi động sau khi máy chủ chuyển đến Moldova.[5]